【Joomla!】 3.6.3 Bug Fix がリリースされています

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3.6.2 であれば、管理画面にログイン時に表示されるメッセージに従っていけば、問題なくアップデートできるはずです。

アップデート方法については、下記も参照してください。

既存バージョンからのアップデート – Joomla! Documentation