Firefox で Gmail の新着通知に Gmail Manager NG というアドオンを使っていたのですが、しばらく前（10日くらい？）から、GoogleApps の独自ドメインがログインできなくなりました。
なかなか解消されませんので仕方なく Gmail Notifier(restartless) というアドオンを試用していたのですが、自動ログインがなく非常に不便ですので、何か情報はないかと検索してみました。
Gmail Manager NGがGoogle Appsドメインのみログインできない – ハナモゲラボ / 試行錯誤のPC人生
こちらのサイトで教えていただきました。
配布サイト Gmail Manager NG :: Add-ons for Firefox のレビューで Fixed & Updated to 0.6.5.2.2 が配布されています。